祁剧音乐丰富，高、昆唱腔和伴奏、曲牌数以千计。一般可以分为高腔、弹腔、昆腔三种唱腔，高扬激昂的调门。
高腔是祁剧演出中最古老和具有特色的声腔，至今仍然保留着帽形噪鼓等古老的伴奏乐器。演唱的时候，用鼓来打击出节拍，出腔则配合有锣鼓、唢呐来伴腔，用来渲染气氛，具有弋阳腔的“其节以鼓，其调喧”的特点。它的曲牌可以分为南、北、正、杂等类别。南、北曲牌的区别主要在旋律和乐曲情绪上，一般南曲比较抒情，北曲的比较悲壮。
弹腔可分为南北两路，其中南路相当于二簧，包括弋板、安春、阴皮等，在发展过程中曾经受到徽剧、宜黄腔等的影响。北路则相当于西皮，并有弋板（四平）、安春（吹腔）等调。南北路旋律相互糅合应用，被称为“南转北，北转南”。
昆腔保留的曲牌较多，曲牌版式大体可以分为正板、青板、吊句子三种。其中正板为一板三眼的四拍子；青板则为一板一眼和有板无眼的样式，多适用于节奏较快、情绪变化较大的场面；吊句子则多为自由节奏的板式，适合情绪激昂的场面。